سیدابوالحسن اصفهانی، مرجع وقت شیعیان، و توصیه استادش قاضی، به ناچار از نجف به مسقط هجرت کرد.[۷۵][۷۶] سیدابوالقاسم خویی، که از وی دستورالعملی گرفت و پس از چهل روز، مکاشفه‌ای برایش حاصل شد و آیندۀ خود را شامل تدریس و به مرجعیت رسیدن مشاهده کرد.[۷۷] علی‌اکبر مرندی، که شانزده سال نزد قاضی شاگردی کرد.[۷۸] محمدتقی بهجت فومنی[۷۹]؛ سیدمحمدحسینی همدانی، [۸۰] که بخش‌هایی از جامع السعادات محمدمهدی نراقی را نزد قاضی خواند؛ علی‌محمد بروجردی، که دروس قاضی را تقریر می‌کرد، [۸۱][۸۲] مرتضی انصاری لاهیجی[۸۳]؛ سیدحسن کشمیری[۸۴] سیداحمد کشمیری[۸۵] مرتضی مدرس گیلانی؛ مرتضی مدرس چهاردهی؛ سیدحسین بادکوبه‌ای[۸۶][۸۷][۸۸] سید عبدالکریم کشمیری؛ سیدعباس کاشانی؛ محمدتقی آملی؛ و میرزا ابراهیم سیستانی. [۸۹] سید احمد فهری زنجانی نیز یکی از آخرین کسانی است که محضر قاضی را درک کرد[۹۰] (برای دیگر شاگردان وی به این منبع رجوع کنید.[۹۱]) سیدمرتضی فیروزآبادی، مؤلف فضائل الخمسه من الصحاح السته، نیز در همسایگی قاضی منزل داشت و در درس‌های اخلاق و عرفان وی شرکت می‌کرد و محرم اسرار استاد بود. [۹۲] ۱۱ - خویشاوندی با علامه طباطبایی [ویرایش] علامه طباطبایی می‌فرماید: «من و همسرم از خویشاوندان نزدیک مرحوم حاج میرزا علی آقای قاضی بودیم؛ او در نجف برای صله رحم و تفقد از حال ما، به منزل ما می‌آمد. ما کراراً صاحب فرزند شده بودیم، ولی همگی در همان دوران کوچکی فوت کرده بودند، روزی مرحوم قاضی به منزل ما آمد در حالی که همسرم حامله بود و من از وضع او آگاه نبودم؛ موقع خداحافظی به همسرم گفت: دختر عمو! این بار این فرزند تو می‌ماند، و او پسر است و آسیبی به او نمی‌رسد، و نام او «عبدالباقی» است. من از سخن مرحوم قاضی خوشحال شدم؛ خدا به ما پسری لطف کرد و برخلاف کودکان قبلی، باقی ماند و آسیبی به او نرسید و نام او را عبدالباقی گذاردیم.»[۹۳] علامه طباطبایی در واقعه‌ای دیگر می‌فرماید: «وقتی به نجف رسیدم لدی الورود رو کردم به قبه و بارگاه امیرالمومنین (علیه‌السلام) و عرض کردم: یا علی! من برای ادامه تحصیل به محضر شما شرفیاب شده‌ام ولی نمی‌دانم چه روشی را پیش گیرم و چه برنامه‌ای را انتخاب کنم؛ از شما می‌خواهم که در آن‌چه صلاح است، مرا راهنمایی کنید. منزلی اجاره کردم و در آن ساکن شدم. در همان روزهای اول، در منزل نشسته بودم و به آینده خود فکر می‌کردم ناگاه درب خانه را زدند؛ درب را باز کردم، دیدم یکی از علمای بزرگ است. سلام کرد و داخل منزل شد، خیرمقدم گفته با کمال صمیمیت به گفتگو نشست و سخنانی بدین مضمون فرمود: کسی که به قصد تحصیل به نجف می‌آید، خوب است علاوه بر تحصیل، به فکر تهذیب و تکمیل نفس خویش نیز باشد و از نفس خود غافل نماند. این را فرمود و رفت؛ من در آن مجلس، شیفته اخلاق و رفتار اسلامی او شدم و تا در نجف بودم، از محضرش استفاده می‌نمودم. آن دانشمند بزرگ، آقای حاج میرزا علی آقای قاضی بود». [۹۴] ۱۲ - پیش‌گویی‌ [ویرایش] آیت‌الله شیخ عباس قوچانی می‌گوید: «در نجف اشرف با قاضی جلساتی داشتیم و غالبا افراد با هماهنگی وارد جلسه می‌شدند و همدیگر را هم می‌شناختیم، در یک جلسه، ناگهان سید جوانی وارد شد، استاد بحث را قطع کرده و احترام زیادی به سید جوان نمودند و به او گفتند: آقا سید روح‌الله! در مقابل سلطان جور و دولت ظالم باید ایستاد، باید مقاومت کرد، باید با جهل مبارزه کرد. این در حالی بود که از انقلاب خبری نبود. ما خیلی تعجب کردیم؛ ولی بعد از سال‌های زیاد و پس از انقلاب فهمیدیم که قاضی در آن روز از چه جهت آن حرفها را زد و نسبت به امام احترام کرد».[۹۵] آیت‌الله سیدابوالحسن اصفهانی در مجالس روضه هفتگی آقای قاضی شرکت می‌کرد ولی در آن زمان هنوز معروف نشده بود و به‌عنوان مرجع مطرح نبود. یک روز آقای قاضی در عالم خواب یا مکاشفه می‌بیند که بعد از اسم آیت‌الله سیدمحمدکاظم یزدی، نام آقا سیدابوالحسن اصفهانی نوشته شده است، و بعدا این مطلب را به ایشان می‌گوید. آیت‌الله اصفهانی بعد از وفات مراجع زمان خود، به مرجعیت می‌رسد و در تمامی جهان اسلام مثل آیت‌الله سیدمحمدکاظم یزدی مرجع تام می‌شود. [۹۶] ۱۳ - علاقه شهید مطهری به قاضی [ویرایش] سیدمحمدحسین تهرانی می‌نویسد: یک روز که به منزل شهید مطهری رفته بودم ملاحظه کردم که سه تصویر در اتاق خود نصب کرده‌اند؛ تصویر والدشان آقای شیخ محمدحسین مطهری، تمثال حاج میرزا علی آقا شیرازی، و عکس آیت‌الله حاج میرزا سیدعلی آقا قاضی طباطبایی.[۹۷] مرحوم قاضی می‌فرمود: سعدی: مردی حکیم و دانشمند بوده است، و در اشعار آن بویی از عرفان به‌مشام نمی‌رسد، و مما یذکر اسم الله علیه است، فقط یک غزل او شیرین و آبدار است آن‌جا که گفته است: به جهان خرم از آنم که جهان خرم از اوست ••••• عاشقم بر همه عالم که همه عالم از اوست[۹۸] ۱۴ - وصیت‌نامه [ویرایش]