مرحوم قاضی در وصیت نامه خودشان (که در دوازده صفر ۱۳۶۵ نوشته است) به دو فصل اشاره نموده؛ که یک فصل آن در امور دنیا و دیگری در امور آخرت است. قسمتی از وصیت نامه را به‌عنوان تبرک می‌آوریم: «و فصل دوم در امور آخرت و عمده آن‌ها، توحید است. خدای تعالی می‌فرماید: «ان الله لا یغفر ان یشرک به و یغفر مادون ذلک لمن یشاء؛ [۹۹] همانا خداوند شرک به خود را نمی‌بخشد و جز آن را برای هرکه بخواهد می‌بخشد.» و این‌مطلب حقیقتش به سهولت به‌دست نمی‌آید و از اولاد‌های بنده کسی را تا حال مستعد تعلیم آن ندیده‌ام... اما وصیت‌های دیگر، عمده آن‌ها نماز است، نماز را بازاری نکنید؛ اول وقت به‌جا بیاورید با خضوع و خشوع! اگر نماز را تحفظ کردید، همه چیزتان محفوظ می‌ماند، و تسبیح صدیقه کبری (علیهاالسّلام) و آیة الکرسی در تعقیب نماز ترک نشود... و در مستحبات تعزیه‌داری و زیارت حضرت سیدالشهدا (علیه‌السلام) مسامحه ننمایید. و روضه هفتگی ولو دو سه نفر باشد، اسباب گشایش امور است و اگر از اول عمر تا آخرش در خدمات آن بزرگوار از تعزیت و زیارت و غیرهما به‌جا بیاورید، هرگز حق آن بزرگوار ادا نمی‌شود. و اگر هفتگی ممکن نشد، دهه اول محرم ترک نشود. دیگر آن‌که، گرچه این حرف‌ها آهن سرد کوبیدن است، ولی بنده لازم است بگویم؛ اطاعت والدین، حسن خلق، ملازمت صدق، موافقت ظاهر با باطن، ترک خدعه و حیله، تقدم در سلام، و نیکویی کردن با هر بر و فاجر، مگر در جایی که خدا نهی کرده این‌ها را که عرض کردم و امثال این‌ها را مواظبت نمایید! الله الله که دل هیچ‌کس را نرنجانید. تا توانی دلی به دست آور دل شکستن هنر نمی‌باشد». [۱۰۰] ۱۵ - وفات [ویرایش] قاضی در سال‌های آخر عمر به بیماری استسقا مبتلا شد و در ۶ ربیع الاول ۱۳۶۶/۹ بهمن ۱۳۲۵ ش درگذشت و سیدجمال گلپایگانی بر وی نماز خواند و در وادی السلام، نزدیک مقام صاحب الزمان (جل‌الله‌تعالی‌فرجهالشریف) در کنار پدرش به خاک سپرده شد. محمد سماوی مادّه تاریخ وفات وی را «قضی علی العلم بالاعمال» استخراج کرده است. [۱۰۱][۱۰۲] (معلم حبیب‌آبادی، [۱۰۳] روز وفات را ۴ ربیع الاول نوشته است).[۱۰۴] ۱۶ - کرامات [ویرایش] از قاضی کرامات بسیاری نقل کرده‌اند، مانند طی الارض، میراندن مار با استفاده از نام المُمیت خداوند، [۱۰۵][۱۰۶] زنده شدن مرده به دعای وی، خبر دادن از احوال و افکار و حالات و افعال اشخاص، خبر دادن از آینده از جمله خبر دادن از مرجعیت سیدابوالحسن اصفهانی و پیش‌گویی زمان مرگ خود، و ساطع شدن نور از وی در حال نماز. [۱۰۷][۱۰۸][۱۰۹][۱۱۰] از سیدابوالقاسم خوئی نیز نقل شده که حوادث مافوق طبیعی در مرگ سیدعلی قاضی رخ داده است.[۱۱۱] و همچنین گفته شده که کراماتی نیز از قبر وی به ظهور رسیده است.[۱۱۲] ۱۷ - خانواده [ویرایش] قاضی در طول حیاتش، چهار زن اختیار کرد و خانواده پرجمعیتی شامل یازده پسر و پانزده دختر داشت. [۱۱۳][۱۱۴] برخی از فرزندان او به علم و فضل شناخته می‌شوند، از جمله سیدمحمدحسن قاضی طباطبائی که خود از شاگردان پدرش بود و بحر المعارف عبدالصمد همدانی را نزد وی خواند. مجموعه‌ای ده جلدی به نام صفحات من تاریخ الاعلام از تالیفات اوست که جلد اول و دوم آن را برادرش، سیدمحمد علی قاضی‌نیا، استاد دانشکده الهیات، به فارسی ترجمه و با عنوان آیت الحق در ۱۳۸۹ ش در تهران منتشر کرده است. سیدمحمدحسن در جلد اول این کتاب، اشعار پدرش را جمع‌آوری و شرح کرده است. [۱۱۵][۱۱۶] از دیگر فرزندان قاضی، سیدمهدی، استاد حسن حسن‌زاده آملی است.[۱۱۷][۱۱۸] (برای تفصیل بیش‌تر درباره خانواده وی به این منابع رجوع کنید.[۱۱۹][۱۲۰]). ۱۸ - وصیّ عرفانی [ویرایش] درباره وصی ایشان در امر اخلاق و عرفان اقوال مختلفی هست: پسرش، محمدحسن قاضی، وصی او را دامادشان، میرزا ابراهیم شریفی، دانسته است. [۱۲۱] از حسن‌علی نجابت شیرازی، شاگرد قاضی، نیز نقل شده است که قاضی در آخرین روزهای حیاتش محمدجواد انصاری همدانی را جانشین معنوی خود معرفی کرد. [۱۲۲] برخی نیز سیدمحمدحسین طباطبائی را وصی قاضی معرفی کرده‌اند.[۱۲۳] اما مشهور این است که وصی رسمی قاضی، عباس‌ هاتف قوچانی بوده است. [۱۲۴][۱۲۵] گفته می‌شود که داشتن چند وصی از سوی قاضی، با توجه به شرایط آن زمان و دشواری ارتباطات و وضع راه‌ها، امکان داشته است و شاید وی، به‌همین دلایل، چند تن را برای چند منطقه و چند موضوع وصی خود کرده بوده است. [۱۲۶][۱۲۷] ۱۹ - آثار [ویرایش] از قاضی این آثار نیز به‌جا مانده است: ۱۹.۱ - شرح دعای سمات شرحی ناتمام بر دعای سمات به عربی که نخستین‌بار در ۱۳۸۴ ش در تهران به‌چاپ رسید. وی این اثر را در دو سال پایانی عمر خود نوشت و به سبب بیماری موفق به اتمام آن نشد و فقط حدود یک سوم این دعا را شرح کرد. او به خواندن این دعا در عصرهای جمعه ملتزم بود و جلسه خواندن این دعا و شرح آن در منزلش در نجف برگزار می‌شد.[۱۲۸] ۱۹.۲ - تفسیر قرآن