تفسیر قرآن کریم از ابتدا تا آیه ۹۱ سوره انعام، که ظاهراً نسخه‌ای از آن در لندن موجود است. او را می‌توان پایه‌گذار شیوه تفسیری قرآن با قرآن دانست. ظاهراً روش او در تفسیر، در شیوه تفسیری شاگردش، سیدمحمدحسین طباطبائی، در تفسیر المیزان مؤثر بوده است. ۱۹.۳ - تصحیح و تحقیق تصحیح و تحقیق ارشاد، اثر شیخ مفید، که آن را در ۱۳۰۶ در ۲۱ سالگی به انجام رساند. این کتاب در تهران چاپ سنگی شد. قاضی، علاوه بر ارشاد، بر برخی کتاب‌های دیگر نیز تعلیقات نوشته است، از جمله بر مثنوی مولوی و فتوحات ابن عربی، که هیچ‌یک تاکنون منتشر نشده است. وی در ادبیات عرب نیز مهارت داشت و شعر نیز می‌سرود. قصیده غدیریه او به زبان عربی، که آن را در ۱۳۱۶ ش سروده است، شهرت دارد. او غدیریه‌ای هم به زبان فارسی سروده است. (برای نمونه‌هایی از اشعار قاضی به این منبع رجوع کنید. ۱۹.۴ - دیگر آثار نامه‌ها و دستور العمل‌های عرفانی نیز از دیگر آثار استاد است که مرحوم قاضی به سیدمحمدحسن الهی طباطبایی (برادر علامه طباطبایی)، شیخ ابراهیم و... نوشته است. ۲۰ - روش سلوکی و عرفانی قاضی وصول به مقام توحید و سیر صحیح الی الله را بدون پذیرفتن ولایت امامان شیعه (علیهم‌السّلام) و حضرت زهرا (سلام‌الله‌علیها) محال می‌دانست. ثدر واقع، روش سلوکی وی همان ش سلوکی حسینقلی همدانی بود. در این روش، سالک باید برای دفع خواطر، در شبانه‌روز دست‌کم نیم ساعت را برای توجه به نفس خود تعیین کند تا رفته رفته معرفت نفس برای او حاصل شود. به‌علاوه، باید برای رفع حجاب‌ها و موانع، به امام حسین (علیه‌السلام) متوسل شود. او همچنین برای از بین بردن اغراض و نیت‌های نفسانی، روش احراق را توصیه می‌کرد و این طریقه را از قرآن کریم الهام گرفته بود. در این طریقه، سالک باید بداند که همه چیز ملک مطلق خداست و او فقر ذاتی دارد و این تفکر سبب سوختن تمام نیات و صفات او می‌شود، لذا به آن احراق می‌گویند. از دیگر شیوه‌های سلوکی قاضی، التزام به نماز اول وقت، نماز شب، تهجد و نیز اذکار متعددی بود که هم خود بر آن‌ها مداومت داشت و هم شاگردانش و حتی عامه مردم را به آن‌ها سفارش می‌کرد، مانند چهار صد بار یا بیشتر، گفتن ذکر یونسیه همراه با خواندن قرآن در سجده، صد مرتبه خواندن سوره قدر در شب‌های جمعه، مداومت بر خواندن فراوان سوره توحید و دعای کمیل و] (برای توضیح بیش‌تر درباره اذکار و اعمالی که به شاگردانش توصیه می‌کرد به این منبع رجوع کنید. از محمدتقی آملی، از مبرزترین شاگردان قاضی، نقل شده است که قاضی به زیارت اهل قبور بسیار توجه داشت و خود بسیار به وادی السلام می‌رفت و ساعت‌ها در آن‌جا به زیارت مشغول می‌شد. او به تهجد در مسجد کوفه و مسجد سهله علاقه‌مند بود و حجره‌ای مخصوص برای عبادت در این دو مسجد داشت. و رفتن به مسجد سهله خصوصاً با پای پیاده را توصیه می‌کرد. او در سیر الی الله به داشتن استاد بسیار اهمیت می‌داد و بر آن بود که استاد باید خبیر و بصیر، خالی از هوای نفس، رسیده به معرفت الهی و انسان کامل باشد. از نظر وی، سالک اگر نصف عمر خود را در جستجوی استاد بگذراند، ارزش دارد و سالکی که استاد را دریابد، نصف راه را طی کرده است. وی همچنین عقیده داشت که سالک و عارف حتماً باید مجتهد باشد، زیرا ممکن است وقتی برخی عوالم باطنی بر وی منکشف می‌گردد وظایفی بر عهده‌اش گذارده شود که تنها مجتهد می‌تواند نحوه درست انجام دادن آن وظایف را در آن اوضاع دریابد. ۲۱ - آرا از میان کتاب‌های عرفانی نیز قاضی رساله سیر و سلوک، منسوب به سیدمحمدمهدی بحرالعلوم، را بهترین کتاب عرفانی می‌دانست، اما از شاگردش عباس قوچانی و فرزندش محمدحسن قاضی نقل شده است که به کسی اجازه به‌جا آوردن برخی دستورالعمل‌های سخت این رساله را نمی‌داد. او به کتاب‌های فتوحات مکّیه و مثنوی مولوی نیز علاقه‌مند بود و برخی عرفا مانند مولوی و ابن عربی را شیعه می‌دانست. وی در عین‌حال نگهداری برخی کتاب‌ها را در خانه، همچون الاغانی، به‌سبب ذکر اخبار خوانندگان و نوازندگان و بیان فسادها و لهو ولعب‌های آنان، موجب نحوست می‌دانست. ۲۲ - انتقاد به نظام آموزشی حوزه قاضی به نظام آموزشی و برخی کتاب‌های درسی حوزه‌های علمیه انتقاد داشت، خصوصاً در مورد کتاب‌های درسی عقیده داشت که باید کتاب‌های جدید جانشین متون قدیمی شوند، حتی از شاگردش، عباس قوچانی، خواست که جواهر الکلام اثر محمدحسن نجفی را از نو تحریر کند و او هم ۲۱ جلد از دوره ۴۳ جلدی این کتاب را با تحقیق و تعلیق خود نوشت. این اثر در ۱۳۶۵ ش در تهران منتشر شد.